Gambaran umum unit kerja dan fakultas Universitas Syiah Kuala telah dijelaskan pada Peraturan Pemerintah No 38 Tahun 2022 tentang Perguruan Tinggi Badan Hukum Universitas Syiah Kuala.
Berdasarkan PP tersebut, disebutkan bahwa fakultas adalah himpunan sumber daya pendukung yang menyelenggarakan dan mengelola pendidikan akademik, pendidikan vokasi, dan/ atau pendidikan profesi dalam 1 (satu) rumpun disiplin ilmu pengetahuan dan teknologi.
Lalu pada bagian sistem pengelolaan pasal 44 disebutkan bahwa fakultas merupakan unsur pelaksana akademik. Selanjutnya pada pasal 45 disebutkan fakultas terdiri dari Dekan dan wakil Dekan, Senat Akademik Fakultas, Departemen, Laboratorium/Bengkel/Stdui dan unit lain yang diperlukan.
Jumlah fakultas di USK adalah sebanyak 11 fakultas yaitu
Fakultas Ekonomi dan Bisnis, Fakultas Pertanian, Fakultas Hukum, Fakultas Teknik, Fakultas Kedokteran, Fakultas Kedokteran Hewan, Fakultas Keperawatan, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Fakultas Kedokteran Gigi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik.
Adapun Sekolah Pascasarjana adalah unsur pelaksana akademik setingkat Fakultas yang bertugas menyelenggarakan dan/atau program pascasarjana.
USK juga memiliki delapan Direktorat yaitu Direktorat Administrasi Akademik, Direktorat Pendidikan dan Pembelajaran, Direktorat Sumber Daya, Direktorat Keuangan, Direktorat Kemahasiswaan dan Alumni, Direktorat Prestasi dan Kewirausahaan, Direktorat Perencanaan dan Kemitraan, serta Direktorat Bisnis dan Dana Lestari.